Ia pada mulanya dibina pada tahun 1824 di atas ladang yang dimiliki oleh penduduk Belanda ke-18 Yogyakarta, Anthonie Hendriks Smissaert. Bangunan pertama telah direka oleh seorang arkitek bernama A. Payen, dengan reka bentuk seni bina tropika Indies yang tipikal. Pembinaan bangunan itu ditangguhkan oleh Perang Jawa yang sedang berlangsung, pemberontakan yang dipimpin oleh Pangeran Diponegoro dan hanya siap pada tahun 1832.

gempa bumi menggegarkan dan meruntuhkan istana pertama pada 10 Jun 1867 dan bangunan itu pada mulanya dibina semula pada tahun 1869. Status Yogyakarta telah ditukar daripada Residen kepada sebuah wilayah pada 19 Disember 1927, justeru bangunan itu bertukar kedudukannya. tujuan sebagai pejabat gabenor.

Semasa perjuangan untuk Kemerdekaan, ibu negara Jakarta telah diduduki oleh tentera Bersekutu dan kerajaan dipindahkan ke Yogyakarta pada 6 Januari 1946. Istana ini menjadi kediaman presiden Sukarno antara 1946 dan 1949, sehingga kerajaan dipindahkan kembali ke Jakarta pada 28 Disember 1949.[2]

Selepas Suharto menjadi presiden Indonesia ke-2, istana dijadikan tempat perarakan petang pada setiap 17 Ogos untuk memperingati kemerdekaan Indonesia. Kemudian pada tahun 1991 bangunan itu digunakan untuk meraikan setiap detik detik pengisytiharan kemerdekaan.[3]